Apabila kita melihat permasalahan yang telah diuraikan di atas dari segi politik strategi dan pertahanan. Dengan bergulirnya Reformasi yang dimulai sejak Mei 1998, telah terjadi berbagai perubahan dalam tata kehidupan politik Indonesia. Arah kebijaksanaan politik negara telah ditetapkan dalam Tap MPR No IV / MPR / 1999 tentang GBHN. Diera reformasi ini pula telah terjadi berbagai perubahan situasi politik, yang berskala nasional dan berpengaruh terhadap dunia luar seperti terjadinya pergantian tampuk pimpinan negara dan suhu politik yang memanas serta berbagai kerawanan terhadap keutuhan NKRI berupa ancaman disintegrasi bangsa dan lepasnya Timor-Timur serta Sipadan dan Ligitan. Perubahan ini telah memberikan dampak pada berbagai kebijaksanaan pemerintah yang diambil dalam upaya menyelamatkan keutuhan Negara Kesatuan Republik Indonesia. Pengaruh kebijaksanaan politik di era reformasi tersebut telah berdampak pada kebijaksanaan pemerintah dalam menangani berbagai permasalahan yang menyangkut keselamatan negara terhadap berbagai ancaman, tantangan, gangguan dan hambatan yang dapat menyebabkan instabilitas negara dalam mencapai tujuan nasional. Adapun upaya yang dapat dilakukan oleh pemerintah dalam mengatasi masalah klaim wilayah pulau Miangas ini adalah : Pertama Pengembangan kawasan perbatasan sebagai ‘beranda depan’ sekaligus pintu gerbang menuju dunia internasional dengan strategi; a) Peningkatan akses menuju kota-kota pesisir yang menjadi orientasi utama pada wilayah NKRI. b) Pengembangan pelayanan penunjang kegiatan perdagangan internasional, baik berskala kecil hingga besar. Kedua Pengembangan kawasan perbatasan dengan menganut keserasian antara prinsip keamanan (security) dan prinsip kesejahteraan masyarakat (prosperity) dengan strategi ; a) Pemanfaatan ALKI untuk kepentingan pertahanan dan perdagangan internasional, b) Penegasan garis batas laut (rambu-rambu) untuk menjamin kepastian hukum laut. Ketiga Pengembangan pusat-pusat pertumbuhan pada kawasan perbatasan secara selektif yang didukung oleh pusat pelayanan yang memadai (prasarana dan sarana) dengan strategi ; a) Peningkatan prasarana dan sarana penunjang kegiatan sosial–ekonomi masyarakat (misal untuk permukiman nelayan), b) Penerapan insentif–disinsentif untuk pengembangan kawasan perbatasan (pembebasan pajak untuk investor, kemudahan perizinan, dsb). Keempat Peningkatan kerjasama ekonomi sub-regional (KESR) melalui skema BIMP-EAGA, IMS-GT, IMT-GT maupun AIDA dengan strategi ; a) Mengembangkan kota-kota perbatasan sebagai pintu- gerbang negara berdasarkan kesepakatan dengan negara tetangga, b) Pengembangan kegiatan ekonomi dengan sebesar-besarnya memanfaatkan sumber daya lokal (SDM, SDA, dan SDB).