Menurut Irwan Prayitno metode pengajaran adalah sebuah cara untuk
mentransfer ilmu pengetahuan kepada anak didik. Dalam hal ini Dr. Irwan
Prayitno menghendaki adanya metode yang variatif supaya dapat
meminimalisir kejemuan anak didik dalam proses belajar mengajar. Secara
spesifik Dr. Irwan Prayitno tidaklah memberikan rumusan metode-metode
yang seharusnya digunakan anak tetapi hanya memberikan prinsip-prinsip dan
langkah-langkah secara general. Walaupun demikian, dapatlah disimpulkan
bahwa Dr. Irwan Prayitno menggunakan metode-metode yang diantaranya
adalah metode ketauladanan, metode adat kebiasaan, metode permainan,
metode pemberian pujian dan hadiah serta metode pemberian hukuman.
Pemikiran pendidikan islam yang telah dipaparkan oleh Dr. Irwan Prayitno
sampai saat ini masih relevan, letak relevansi konsep pemikiran pendidikan
islam menurut Dr. Irwan Prayitno dalam konteks kekinian adalah pada metode
pengajaranya yang disesuaikan dengan keadaan anak serta kondisi kejiwaan
bagi peserta didik baik berupa bakat maupun minat mereka. Agar kepribadian
anak yan g u tu h d a p at t e r b e ntuk tanpa mengabaikan salah satu dari potensipotensi
yang a n a k m i l i k i b a i k i t u p o t e n s i p s i k o m o t o r, k o g n it i f, s o s i a l d a n
e m o s i.