Namun pada tahun 1998, saat menjamurnya berbagai parpol baru,
Muhammadiyah tidak ikut-ikutan terbawa arus dalam suasana eforia
tersebut, sebagai konsekwensi sikap independensinya. Bahkan untuk memperkuat konsistensi ini, ia membuat terobosan yang berupa larangan kepada pimpinannya untuk merangkap pengurus parpol. Sehingga banyak di antara pimpinannya yang kemudian disterilkan dari dualisme kepemimpinan, termasuk Amien Rais yang saat itu menjabat Ketua PP
Muhammadiyah. Saat itu kembali ditekankan tentang kedudukan Muhammadiyah sebagai gerakan kultural yang amal usahanya terfokus pada pemberdayaan dan penguatan masyarakat sipil.
Dukungan terhadap salah satu kandidat presiden itu, tentu sebuah partisipasi
politik yang mengakibatkan lemahnya masyarakat sebagai penekan penguasa. Sehingga aktif pada gerakan ekstra parlementerlah yang seharusnya dilakukan oleh Muhammadiyah dalam memperkuat check dan balance, sebagai prasyarat tegaknya demokrasi. Atas pertimbangan tersebut, seharusnya ia tetap memainkan dirinya sebagai kekuatan kultural yang berhadapan secara diametral dengan hegemoni penguasa, serta kelompok interest yang berdampingan dengan rakyat. Sebab bidang garap yang harus dilakukan bukan dalam terpilihnya seseorang calon, melainkan terletak pada usaha penciptaan kesadaran rakyat dalam memilih dan memilah calon yang mempunyai eksistensi dalam pembelaan terhadap problematika kerakyatan.
Dengan demikian, mendukung salah satu nama, untuk menjadi penguasa, tentu saja sebuah langkah blunder Muhammadiyah dalam menciptakan masyarakat yang kritis. Memberikan kepercayaan dukungan formal kepada mantan ketuanya tersebut tetap harus disayangkan. Langkah ini tidak lain hanya akan mempersempit gerak laju masyarakat sipil. Masuknya kekuatan kultural ke dalam dunia politik praktis akan menjadikan "kerja" pemberdayaan kekuatan ekstraparlemen terbengkalai.
Harus dipercaya, bahwa menciptakan kondisi pemerintahan yang bersih dan demokratis tidak selamanya harus dari dalam. Namun yang lebih penting dari itu adalah bagaimana rakyat yang mempunyai kedaulatan mampu menggunakan haknya tersebut secara kritis dalam menciptakan good governance dengan menyeleksi pemimpin yang relatif bersih, kapabel, plus integratif. Walaupun pemilu 1999 mampu menghasilkan modernisasi sistem pemerintahan, namun modernisnasi ini tidak terjadi pada massa pemilih. Mereka masih lebih mengutamakan fanatisme golongan-sektarian, daripada memilih flatform partai, serta program kerja yang ditawarkan.
Atas dasar tersebut, maka bukan sebuah kebetulan manakala organisasi otonom yang bergabung dalam Angkatan Muda Muhammadiyah (AMM) secara bulat memprotes keputusan induknya tersebut. IMM, IRM, Pemuda Muhammadiyah, NA, secara sporadis menolak dukungan Muhammadiyah bagi Amien tersebut. Sebab langkah tersebut jelas-jelas sebuah paradigma berpikir sempit dalam mengatasi masalah kebangsaan yang multidimensi. Bagi mereka, seharusnya Muhammadiyah tetap eksis pada jalur kultural untuk melawan permainan politik dan kekuasaan yang tidak sesuai dengan misi kesejahteraan dan keadilan pada rakyat.