Setelah proses pengeluaran tulang, daging segar dan daging giling yang
disimpan dingin dapat mengandung
mikroba
yang berasal dari karkas, peralatan
pengolahan, pekerja dan air. Beberapa
peralatan yang sukar dibersihkan seperti konveyor, penggiling daging (grinder)
dan mesin pengiris, bisa menjadi sumber
mikroba.
Daging yang disimpan dingin bisa mengandung bakteri mesofilik seperti Micrococcus, Enterococcus, Staphylococcus, Bacillus, Clostridium,
Lactobacillus, koliform dan Enterobacteriaceae
lainnya termasuk patogen. Apabila daging
disimpan pada suhu rendah (-1 – 5°C), maka bakteri psikrofilik (suka suhu
dingin) akan menjadi masalah utama dalam penyimpanan daging tersebut. Psikrotrofik (tahan suhu dingin) dominan
didalam daging segar adalah lactobasilus dan leuconostoc, Brochothrix thermosphacta, Clostridium laramie, beberapa strain
koliform, Serratia, Pseudomonas,
Alteromonas, Achromobacter, Alcaligenes, Acinetobacter, Morexella, Aeromonas dan
Proteus.
Juga terdapat psikrofilik patogen seperti Listeria monocytogenes dan Yersinia
enterocolitica.
Kandungan mikroba daging segar sangat bervariasi, dengan bakteri sebagai
kontaminan utama. Mikroba daging giling
sekitar 104-5 koloni/gram. Jika
produk disimpan pada kondisi aerob, maka bakteri psikrotrofik aerob terutama
bakteri Gram negatif berbentuk batang seperti Pseudomonas, Alteromonas, Proteus dan Alcaligenes juga kamir akan tumbuh dengan cepat. Sebaliknya, jika produk disimpan dalam
kemasan
anaerob, maka mikroba dominan adalah bakteri psikrotrofik fakultatif
anaerob dan anaerob seperti Latobacillus,
Leuconostoc, Brochrothrix, Serratia, beberapa koliform dan Clostridium.
pH daging (sekitar 6.5 pada daging merah dan sekitar 6.0 pada daging
unggas), kadar protein yang tinggi, kadar karbohidrat yang relatif rendah dan
kondisi lingkungan sekitar pangan akan menentukan jenis mikroba apa yang akan
tumbuh dominan.