Cerita berawal setelah perang Sekigahara. Shimmen Takezo
dan Matahachi
ikut berperang sebagai prajurit dalam pertempuran tersebut. Tetapi sayang,
pihak yang
mereka bela kalah sehingga mereka menjadi buronan tentara yang
menjadi lawan mereka sewaktu perang.
Dengan beringas dan sadis, Shimmen Takezo
berhasil membereskan tentara tersebut.
Mereka kemudian melanjutkan pelarian mereka dan bertemu seorang janda
bernama Oko dan putrinya.
di sini mereka diserang oleh sekelompok bandit
pimpinan Tsujikaze Tenma yang sepertinya ingin mengangkat Oko menjadi
istrinya. Seperti saat melawan tentara tadi, Shimmen Takezo berhasil
membereskan tentara tersebut. Tetapi sayang, karena tertarik dengan kecantikan
Oko, Matahachi ikut kabur bersama Oko dan pergi meninggalkan Takezo.
Setelah tiba di desanya, Miyamoto, Shimmen menceritakan semua kejadian yang
telah
ia alami begitu pula dengan kepergian Matahachi. Tetapi Ibu Matahachi
yang sepertinya tidak begitu setuju dengan pertemanan Takezo dan Matahachi,
tidak memercayai cerita tersebut. Tambah lagi karena Matahachi telah
bertunangan dengan Otsu,
teman masa kecilnya bersama Takezo. Ia malah menuduh macam-macam pada Takezo
dan menjebaknya sehingga Takezo menjadi buronan di kampungnya.
Dari sini masa
lalu Takezo mulai sedikit terungkap. Takezo besar di gunung dan hutan, bisa
dibilang gunung adalah rumahnya. Juga sedikit diungkap mengenai ayahnya yang
ingin dibunuhnya (tak jelas mengapa ia ingin membunuh ayahnya, mungkin ini
salah satu didikan ayahnya yang keras).
Takezo kemudian berhasil ditangkap oleh Otsu
dan seorang rahib konyol bernama Takuan Soho. Takuan lalu menasehati
Takezo atas tindakan beringas dan sadisnya selama ini. Takuan lalu memberi
identitas baru pada Takezo, sekarang ia bernama Miyamoto Musashi
(Miyamoto diambil dari nama desa tempat ia tinggal).
Musashi lalu berkelana ke seluruh negeri menantang semua samurai yang
terkuat. Dimulai dari dojo Yoshioka. Di sana
ia bertarung dengan Yoshioka Denshichiro. Sebenarnya ia ingin bertarung
dengan Yoshioka Seijurou sebagai yang terkuat di Dojo tersebut, tetapi
Seijurou tak mau (meskipun pada akhirnya nanti Musashi bertarung juga dengan
Yoshioka). Setelah itu ia bertolak ke Hozoin. Di sini dia menentang
ketua perguruan Hozoin yang jago tombak meskipun masih muda, Hozoin Inshun.
Setelah dari sini, Musashi mulai menantang beberapa samurai terhebat
seperti Yagyu Muneyoshi Sekihusai, dan Sishido baiken.
Vagabond bukan hanya bercerita mengenai kehidupan Musashi. Kalau tidak salah, pada
jilid 18, alur vagabond mengarah ke kehidupan Sasaki Kojiro yang
akan menjadi rival terberat Musashi. Ketika masih bayi, Kojiro dikirim ke Ise
melaui laut oleh ayahnya untuk diasuh oleh gurunya, Kanemaki Jisai bersama
sebuah pedang panjang. Sepertinya semua keluarganya akan segera meninggal
sehingga Kojirou dikirim seperti ini. Jisai yang kehidupannya begitu miskin
baru menyadari bahwa Kojirou sebenarnya tuli. Kojirou juga sangat menyukai
pedang, dari sini terlihat bakatnya sebagai seorang samurai hebat. Ia pernah
diganggu oleh anak-anak di desanya, tetatpi semuanya kalah dihajar Kojirou. Bos gerombolan anak tersebut, Kusanagi
Tenki kemudian menjadi teman Kojirou.
Saat berumur belasan tahun, Kojiro dan Tenki menantang Fudou,
seorang samurai kurang waras yang selalu meminta anak perempuan berumur 14
tahun di desa tempat tinggal Kojiro dan Tenki, untuk bersenggama dengannya. Dari
sini, Kanemaki Jisai mulai melihat kekejaman dari dalam diri Kojiro sehingga ia
tidak mau mengajarkannya ilmu pedang sekalipun Kojiro selalu memohon padanya. Tetapi
bagaimanapun, bakat Kojiro tak bisa ditutupi.
Kojiro remaja kemudian diajak berkelana
oleh Itto Ittosai, seorang samurai terkenal mantan murid Kanemaki Jisai,
setelah melihat bakat Kojiro. Dari
perjalanannya ini, kemampuan Kojiro semakin meningkat, hingga akhirnya mereka
sampai ke tempat pertempuran Sekigahara. Di sini dia bertemu dengan Musashi yang juga sedang membantai para tentara
yang menyerangnya. Itto Ittosai berkata bahwa mereka berdua (Musashi dan
Kojiro) akan bertemu kembali dan akan berduel.
Resensi lain tentang Vagabond